Contrôle fiscal : comprendre les risques et l’éviter

Publié le 11 déc. 2025 | # Fiscal

Le terme contrôle fiscal fait rarement plaisir… Pourtant, avec une bonne préparation il peut devenir un simple passage de vérification et non une catastrophe annoncée avec un redressement systématique.

Il est possible de réduire le risque d’un contrôle fiscal de votre entreprise, et de rester serein si l’administration décide malgré tout de vous contrôler.

Dans cet article, nous faisons le point sur :

Ce qu’est réellement un contrôle fiscal ?
Quels sont les cas risquez-vous un contrôle fiscal ? Pourquoi certaines entreprises sont-elles contrôlées (les signaux d’alerte identifiés par l’administration fiscale) ?
Les bonnes pratiques à mettre en place dès maintenant

Qu’est-ce qu’un contrôle fiscal ?

Le contrôle fiscal est l’ensemble des opérations par lesquelles l’administration fiscale vérifie la sincérité et la conformité des déclarations souscrites par l’entreprise, notamment via l’analyse de la comptabilité afin de détecter tout éventuelle anomalie ou irrégularité relative :

à l’assiette des principaux impôts « professionnels » : impôt sur les sociétés (IS) ou impôts sur les revenus (IR) dans les catégories BIC, BNC et BA ;
au chiffre d'affaires et à la TVA ;
aux actifs de l'entreprise,

Le cadre général du contrôle et son organisation sont définis par la Direction générale des Finances publiques (DGFiP) et précisés dans la base BOFiP-Impôts.

L’objectif affiché de l’administration est de :

s’assurer que l’entreprise s’acquitte des impôts et taxes dont elle est légalement redevable,
lutter contre la fraude
corriger les manquements qu’ils soient de « bonne foi » (c’est à dire sans intention de ne pas respecter la réglementation comme une simple erreur de déclaration) ou bien au contraire « délibérés » .

Les principaux types de contrôle

Le contrôle sur pièces : Il est réalisé en interne à distance par l’administration à partir des déclarations, documents et informations déjà en sa possession. Il repose sur un examen critique de cohérence de fond et de forme et n’est encadré par aucune règle procédurale spécifique. Il s’effectue, la plupart du temps, sans-même que vous ne soyez informé de sa mise en œuvre.
Vous pouvez le cas échéant recevoir des demandes de renseignements. Si le contrôle débouche sur l’envoi d’une proposition de rectification, vous êtes en droit d’y répondre, et même de former un recours hiérarchique (sauf procédure de taxation d’office).
La vérification de comptabilité (entreprises, indépendants) : Il s’agit d’un contrôle plus approfondi qui peut être réalisé selon 2 modalités, qui peuvent d’ailleurs être combinées : sur place, dans les locaux de l’entreprise ou à distance, de manière dématérialisée, via une plateforme sécurisée sur laquelle l’entreprise transmet les pièces demandées. Elle consiste à contrôler l’existence et la tenue d’une comptabilité par l’entreprise, ainsi que sa sincérité. La cohérence des déclarations fiscales souscrites par l’entreprise avec les éléments figurant dans sa comptabilité est également auditée.
Elle est strictement encadrée par le Livre des procédures fiscales (LPF) et les commentaires administratifs. Elle s’achève par une dernière intervention sur place du vérificateur, laquelle peut être suivie de l’envoi d’une proposition de rectification notifiant les suppléments d’imposition mis à sa charge.
L’ESFP – Examen de la situation fiscale personnelle : Cette procédure de contrôle fiscal est mise en œuvre à l’encontre de personnes physiques, et singulièrement les dirigeants, professions libérales et autres particuliers « à enjeux ». Elle peut intervenir à la suite d’un contrôle sur pièces, ou de manière autonome. Elle peut aussi faire suite à la vérification de comptabilité de l’entreprise au sein de laquelle le contribuable contrôlé détient une participation ou exerce son activité professionnelle (cas par exemple de l’associé personne physique d’une société ayant fait l’objet de rectifications fiscales).
L’administration examine alors l’ensemble des revenus, du patrimoine et des flux financiers.
Le contrôle inopiné : Cette procédure fiscale particulière consiste en une visite non annoncée de l’administration fiscale au sein d’une entreprise ou d’un établissement. Elle vise à constater certains éléments matériels ou comptables, avant qu’ils ne puissent éventuellement être modifiés (par exemple réalité des stocks, tenue d’un livre de caisse ou vérification du logiciel de caisse, ou encore existence d’une activité professionnelle dissimulée).
Si l’administration souhaite poursuivre les investigations au-delà, elle doit ensuite procéder à une procédure régulière de vérification de comptabilité.

Dans quels cas risque-t-on un contrôle fiscal ?

L’administration ne déclenche pas un contrôle par hasard. Elle s’appuie sur des analyses de risques, des croisements de données et des signaux d’alerte. Les critères précis ne sont évidemment pas publiés, mais la pratique permet d’identifier plusieurs situations typiques.

Incohérences entre vos déclarations

Quelques signaux fréquents (pour les entreprises) :

Chiffre d’affaires élevé mais résultat fiscal très faible ou constamment négatif
Taux de marge ou de charges anormal par rapport au secteur
TVA collectée et TVA déductible présentant des écarts inexpliqués
Incohérences entre déclarations sociales, fiscales et comptables

Ce type d’anomalies est détecté par l’administration via des contrôles automatisés et des croisements de fichiers.

Défauts de dépôt ou retards répétés

Les omissions et retards répétés sont un facteur de risque important :

Déclarations de TVA, de résultats, CVAE, etc. déposées en retard
Absence de dépôt sur plusieurs périodes
Acomptes d’IS systématiquement insuffisants

Même si le retard peut résulter d’un problème ponctuel, il attire l’attention et peut déclencher un examen plus approfondi.

Activité occulte

La notion d’activité occulte est définie par l’administration comme une activité (licite ou illicite) qui n’a à aucun moment été portée à sa connaissance (absence totale d’immatriculation et non souscription dans les délais imparties des déclarations fiscales requises).

La qualification d’activité occulte est particulièrement sensible et peut entraîner :

un allongement du délai de reprise de 3 ans (dans le cas général) à 10 ans
des pénalités plus lourdes pour dissimulation.

Sont notamment surveillés :

ventes non déclarées (travail au noir, encaissements non comptabilisés, etc.)
utilisation de caisses ou logiciels permettant d’effacer des recettes
absence de facturation dans des activités où elle est obligatoire

Demandes de remboursement de crédit de TVA ou de crédits d’impôt importants

Les demandes importantes de crédits de TVA ou de crédits d’impôt (CIR, CII, etc.) peuvent entrainer un contrôle ciblé pour vérifier la réalité des dépenses et l’éligibilité des opérations.

Informations extérieures et signalements

Informations transmises par d’autres administrations (URSSAF, douanes, etc.)
Contradictions entre vos déclarations et celles de vos partenaires ou clients
Effet de contamination (si un de ses fournisseurs ou clients fait l’objet d’un redressement, l’entreprise peut être vérifiée par ricochet )
Signalements (notamment en cas de fraude organisée) ou dénonciation
Antécédents de contrôle (après un contrôle ayant révélé des irrégularités, une nouvelle vérification peut être diligentée pour vérifier la mise en conformité)

Bonnes pratiques pour limiter le risque de contrôle fiscal

On ne peut pas empêcher totalement un contrôle fiscal – il fait partie du fonctionnement normal du système. En revanche, on peut réduire fortement les risques liés à un contrôle (redressements, pénalités, tensions avec l’administration) grâce à des pratiques robustes.

Tenir une comptabilité rigoureuse, à jour et conforme

C’est la première ligne de défense pour une entreprise. Une comptabilité jugée non probante (« rejet de comptabilité ») est sévèrement sanctionné !

Tenez une comptabilité complète et fidèle à la réalité de votre activité. Des solutions en ligne vous permettent de tenir votre comptabilité de manière simple et conforme.
Attention cette instruction décrit les modalités de mise en œuvre du recueil des normes comptables des organismes dépendant de l’État

Si votre comptabilité est tenue de manière informatisée, vous devrez obligatoirement remettre un fichier des écritures comptables (FEC) en cas de contrôle fiscal (article L.47 A-I du LPF). Assurez-vous préalablement qu’il répond aux normes codifiées à l’article A.47 A-1 du LPF.

Conservez vos documents

La règle générale :
- Documents comptables et pièces justificatives (factures, bons, relevés, etc.) : conservation 10 ans à compter de la clôture de l’exercice.
- Documents fiscaux permettant de justifier les montants déclarés : au minimum 6 ans (, voire 10 ans en cas d'activité occulte)

Garder 10 ans l’ensemble des pièces comptables et fiscales de l’entreprise est une bonne pratique !

Structurer l’archivage de vos documents

Un contrôle fiscal se gagne souvent sur… votre capacité à retrouver rapidement le bon document.

Classement clair par exercice, nature de documents (factures ventes, achats, banque, social, fiscal, juridique).
Archivage numérique sécurisé, avec sauvegardes régulières et contrôle d’intégrité.
- Conservation des : registres légaux et procès-verbaux d’assemblée, contrats (baux, contrats de travail, conventions de prestations, prêts…), documents commerciaux (devis, bons de commande, bons de livraison)

En cas de contrôle sur pièces ou sur place, répondre vite et clairement renforce votre crédibilité et peut limiter l’ampleur des investigations.

Sécuriser la facturation : le nerf de la guerre

Les factures sont au cœur de tout contrôle fiscal. Il est important de respecter strictement les obligations de facturation. Les règles sont fixées notamment par le Code de commerce et le Code général des impôts, détaillées sur service-public.fr : mentions obligatoires, numérotation continue, délais d’émission, conservation des factures, etc.

Vérifiez régulièrement que votre logiciel (facturation, caisse, comptabilité) reste conforme aux exigences fiscales et que les mises à jour sont bien appliquées.

Déclarer dans les délais… même en cas de difficultés

Les retards de déclaration sont un signal de risque facile à éviter.

Mettez en place un calendrier pour l’ensemble des obligations fiscales de l’entreprise.
Utilisez les télédéclarations et prélèvements pour sécuriser les échéances.
En cas de difficultés de trésorerie, déposez la déclaration dans les temps et négociez une solution de paiement (échelonnement) plutôt que de ne pas déclarer.

L’administration préfère un contribuable qui déclare et la sollicite pour un échéancier à un contribuable silencieux !

S’appuyer sur AGAURA

Adhérer à AGAURA est un atout fort dans votre démarche de prévention :

Revue de cohérence des déclarations de résultats et de TVA de votre entreprise
Sensibilisation aux obligations comptables/fiscales essentielles
Sécurisation sur les conditions et modalités d’application de dispositifs fiscaux particuliers

Plus votre organisation est professionnalisée, moins le risque de contrôle fiscal est vécu comme « critique ».

Réaliser un Examen de Conformité Fiscale

L’Examen de Conformité Fiscale (ECF) est un outil de protection de votre entreprise contre les risques fiscaux. Cet audit approfondi, basé sur 10 points de contrôle, vérifie que vos pratiques sont conformes à la réglementation.

L'ECF constitue une assurance en matière de sécurité fiscale pour les entreprises notamment pour les TPE et PME. Depuis 2024, la réalisation et le résultat d'un ECF sont pris en compte par l'administration fiscale dans son calcul de cote de risque pour la planification de ses contrôles. Le recours régulier à l'ECF réduit ainsi les risques et les conséquences d'un contrôle fiscal.

En savoir plus sur les avantages de réaliser vos Examens de Conformité Fiscale avec AGAURA

Documenter la déductibilité de vos charges

Beaucoup de redressements portent sur des charges non justifiées ou considérées comme non déductibles.

Bonnes pratiques :

Conserver tous les justificatifs : factures, contrats, notes de frais, relevés bancaires.
Mettre en place une procédure claire pour les notes de frais (plafonds, justificatifs obligatoires, validation hiérarchique).
Être particulièrement vigilant sur les frais de véhicule, carburant, indemnités kilométriques, les repas, invitations, cadeaux clients et les charges mixtes (pro & perso : téléphonie, loyers, informatique…).

En cas de contrôle, une charge sans justificatif est une charge facilement rejetée.

Comment réagir si vous recevez un avis de contrôle ?

Même avec des bonnes pratiques, un contrôle reste possible. L’important est « d’adopter les bons comportements »

Ne pas ignorer le courrier : les délais pour répondre sont encadrés.
Lire attentivement l’avis (type de contrôle, période visée, impôts concernés).
Préparer les documents demandés, vérifier le FEC, rassembler les justificatifs. Si certains éléments manquent, n’hésitez pas à demander un délai supplémentaire et en cas de perte avérée, adoptez une posture transparente
Pendant le contrôle :
- rester courtois et coopératif
- répondre de manière factuelle
- éviter les improvisations et adopter une attitude constructive